Als erstes ist es sinnvoll die Root-Partition noch einmal separat zu mounten um alle anderen eingehängten Dateisysteme nicht mit zu kopieren bzw. nicht mühsam ausschließen zu müssen:
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mkdir /mnt/old_root
mount -o bind / /mnt/old_root
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cp -a /mnt/old_root/* /mnt/new_root
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cd /mnt/old_root
tar -c -P --atime-preserve --numeric-owner -f /pfad/zum/archiv.tar *
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cd /mnt/new_root
tar -x -P --atime-preserve --numeric-owner -f /pfad/zum/archiv.tar
Tipp: Sowohl beim cp als auch beim tar sollte man auf die -v (also verbose) Option verzichten. Ich habe mehrmals festgestellt, dass die Unmengen an Ausgaben (besonders bei Framebuffer-Konsolen) das eigentliche Packen bzw. Kopieren erheblich verzögern!
Auf der neuen Root-Partition geht es in der Regel weiter mit Anpassen der fstab und der Bootloader-Konfiguration und eventuell -Installation. Wie das geht, steht ausführlich im Gentoo Handbuch.
Nach dem gleichen Schema können natürlich auch Datenpartitionen, etc. kopiert werden.